Thông tư này đã được các cơ quan quản lý, chuyên môn tham gia, bao gồm các quy định về kiểm tra thực tế, giám định hàng hóa, quy trình kiểm tra đối với các trường hợp xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, tái xuất, gia công để tái xuất, hồ sơ cần có…. mặt hàng chiến lược này. Đặc biệt, Thông tư cũng bổ sung quy định về áp dụng thủ tục hải quan điện tử đối với quản lý mặt hàng này.

Bộ Tài chính ra quy định mới về quản lý xăng dầu xuất khẩu, nhập khẩu.

Về kiểm tra thực tế, Thông tư quy định, trường hợp phải kiểm tra thực tế xăng, dầu, nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất thì công chức hải quan căn cứ vào kết quả giám định của thương nhân kinh doanh dịch vụ giám định (dưới đây gọi tắt là thương nhân giám định) về chủng loại mặt hàng, khối lượng (nếu là m3, thùng thì khi khai báo hải quan phải quy đổi đơn vị tính là tấn), trọng lượng, chất lượng để xác nhận kết quả kiểm tra thực tế vào tờ khai hải quan. Xăng dầu chỉ được phép bơm lên kho hoặc sang phương tiện khác sau khi tờ khai hải quan đã được Chi cục Hải quan (nơi thương nhân làm thủ tục) hoàn thành thủ tục đăng ký tờ khai theo quy định của Luật Hải quan.

Đối với xăng dầu kinh doanh tạm nhập tái xuất được lưu lại tại Việt Nam không quá 120 ngày kể từ ngày hoàn thành thủ tục hải quan tạm nhập. Trường hợp cần kéo dài thời hạn, thương nhân có văn bản gửi Chi Cục Hải quan nơi làm thủ tục tạm nhập đề nghị gia hạn, việc gia hạn không quá 02 lần, mỗi lần không quá 30 ngày đối với mỗi lô hàng tạm nhập tái xuất.

Trường hợp xăng dầu nhập khẩu, tạm nhập tái xuất, nguyên liệu nhập khẩu thuộc danh mục phải kiểm tra về chất lượng nhưng chưa có Thông báo kết quả kiểm tra nhà nước về chất lượng lô hàng đáp ứng yêu cầu chất lượng nhập khẩu thì thực hiện theo hướng dẫn cụ thể tại Thông tư.

Thủ tục hải quan được thực hiện tại Chi cục Hải quan cửa khẩu nơi phương tiện vận chuyển xăng dầu đến; hoặc tại Chi cục Hải quan ngoài cửa khẩu nơi thương nhân có hệ thống kho nội địa chứa xăng dầu nhập khẩu, xăng dầu tái xuất. Cụ thể, xăng dầu xuất khẩu, tái xuất sẽ được làm thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan cửa khẩu đã làm thủ tục nhập khẩu chính lô xăng dầu đó; hoặc tại Chi cục Hải quan cửa khẩu xuất hoặc tại Chi cục Hải quan ngoài cửa khẩu nơi thương nhân có hệ thống kho nội địa chứa xăng dầu xuất khẩu, tái xuất.

Khi làm thủ tục hải quan đối với tái xuất xăng dầu cho tàu bay, thương nhân được áp dụng hình thức đăng ký tờ khai một lần để xuất khẩu nhiều lần: thương nhân khai 01 tờ khai cho tất cả các hãng Hàng không quốc tế, 01 tờ khai cho các tàu bay Việt Nam thực hiện các chuyến bay quốc tế xuất cảnh. Thời hạn hiệu lực của tờ khai theo quy định của pháp luật.

Thủ tục hải quan đối với xăng dầu kinh doanh chuyển khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 38 Thông tư số 79/2009/TT-BTC ngày 20/04/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. 

Khi nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất, pha chế xăng dầu để xuất khẩu thực hiện theo quy định quản lý đối với nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu. Riêng với việc nhập khẩu nguyên liệu để gia công xuất khẩu xăng dầu thì thực hiện theo quy định tại Thông tư số 116/2008/TT-BTC ngày 04/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục hải quan đối với hàng hóa gia công với thương nhân nước ngoài và Thông tư số 74/2010/TT-BTC ngày 14/05/2010 của Bộ tài chính sửa đổi, bổ sung một số nội dung Thông tư số 116/2008/TT-BTC.

Thông tư sẽ có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký ban hành.