Theo kết luận thanh tra, trong giai đoạn năm 2007 - 2009, Bộ Công thương có vai trò chính trong việc quản lý xuất nhập khẩu và bình ổn thị trường thép đã để xảy ra nhiều vi phạm.

Theo đó, Bộ Công thương đã ban hành và gỡ bỏ Giấy phép xuất nhập khẩu tự động chậm so với diễn biến thị trường nên dẫn đến lượng thép thành phẩm và phôi thép tồn kho lớn (khoảng 2 triệu tấn), gây ảnh hưởng tới hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp và kéo theo sự khó khăn cho các ngân hàng trong việc thu hồi vốn.

Công tác tổ chức nhiệm vụ bình ổn thị trường theo hướng không tăng giá thép của Bộ Công thương đối với Tổng công ty Thép Việt Nam còn hạn chế dẫn đến người tiêu dùng không tiếp cận được với giá bán theo chỉ đạo, trong khi lợi nhuận của doanh nghiệp bị giảm mạnh.

Tính riêng trong năm 2008, Tổng công ty Thép Việt Nam bị giảm lợi nhuận khoảng 600 tỉ đồng, Công ty Gang thép Thái Nguyên giảm trên 200 tỉ đồng.

Cũng theo Thanh tra Chính phủ, qua 2 năm thực hiện quy hoạch ngành thép (2007 - 2009), đã có 65 dự án sản xuất gang thép được triển khai, tuy nhiên có tới 48 dự án nằm ngoài quy hoạch, dẫn tới quy hoạch ngành thép bị phá vỡ.

Nguyên nhân tình trạng này là do các cơ quan chức năng, trong đó có Bộ Công thương thiếu kiểm tra, giám sát cũng như chưa có các biện pháp ngăn chặn. Đơn cử, trong thời gian nói trên, Bộ Công thương chưa thành lập đoàn thanh tra nào về hoạt động sản xuất kinh doanh thép.

Đáng chú ý, trong việc quản lý xăng dầu, từ năm 2007 đến 2009, Bộ Công thương chưa triển khai hoạt động thanh tra nào về kinh doanh xăng dầu, chưa kiểm tra đối với các doanh nghiệp đầu mối (11 doanh nghiệp). Điều này trái với Nghị định 55 của Chính phủ về công tác thanh kiểm tra các hoạt động kinh doanh xăng dầu.

Theo Thanh tra Chính phủ, việc thiếu kiểm tra, đôn đốc đã khiến cho tình trạng gian lận xăng dầu tràn lan. Qua kiểm tra cho thấy, chỉ trong 2 năm 2007 - 2008, Cục Quản lý thị trường đã phát hiện trên 2.600 vụ gian lận xăng dầu với giá trị vi phạm trên 831 tỉ đồng, đã xử phạt gần 10 tỉ đồng.

Cơ quan thanh tra cũng chỉ rõ, công tác phối hợp giữa Bộ Công thương với Tổng cục Hải quan trong việc kiểm soát các hoạt động xuất khẩu, tái xuất xăng dầu chưa chặt chẽ nên đã để nhiều doanh nghiệp tái xuất trên 100.000 tấn dầu không báo cáo.

Ngoài ra, trong quá trình vận hành hoạt động Nhà máy lọc dầu Dung Quất, trong vai trò điều hành chỉ đạo về cơ chế của mình, Bộ Công thương đã để xảy ra tình trạng thiếu minh bạch trong hoạt động doanh nghiệp cũng như quản lý các khoản thu ngân sách Nhà nước.

Sau khi Thanh tra Chính phủ có kết luận, Thủ tướng đã đồng ý xử lý các sai phạm theo kiến nghị của thanh tra. Theo đó, yêu cầu Bộ Công thương phải kiểm điểm các cá nhân, tập thể để xảy ra vi phạm nói trên.