Ở phương án thứ nhất, Bộ GTVT đề xuất thành lập ngay Quỹ BTĐB ở trung ương và các tỉnh thành. Trong đó, giai đoạn đầu, quỹ được ngân sách nhà nước cấp ổn định như hiện nay, nguồn thu phí sử dụng đường bộ vẫn thu theo trạm và đề nghị Thủ tướng cho chuyển toàn bộ nguồn phí xăng dầu hiện nay (đang thu nộp ngân sách) bổ sung cho Quỹ BTĐB.

Giai đoạn tiếp theo, trong khoảng 5 - 10 năm sau, cho phép chuyển phương thức thu phí từ trạm thu phí sang thu qua xăng và thu trực tiếp theo đầu phương tiện, kilômét xe chạy (đối với phương tiện dùng diesel). Lúc này, nguồn thu của quỹ là phí sử dụng đường bộ và ngân sách nhà nước, không còn nguồn phí xăng dầu nữa.

Ở phương án thứ 2, nếu không thể dành toàn bộ phí xăng dầu hiện nay cho Quỹ BTĐB thì đề nghị cho lùi thời hạn hình thành quỹ này đến một thời điểm thích hợp (5 - 10 năm) để Bộ GTVT có thời gian và biện pháp xử lý tồn tại của các trạm thu phí.