Như Diễn đàn kinh tế Việt Nam đưa tin, hôm 10/5, Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh đã đề nghị Cục Thuế Tp Hà Nội phối hợp thu trên 28,6 tỷ đồng thuế giá trị gia tăng của Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex). Đây là khoản thuế phát sinh từ 397 bộ tờ khai về xăng dầu tạm nhập không tái xuất hết, đã chuyển sang tiêu thụ nội địa trong giai đoạn từ năm 2004-2008 của Tập đoàn.

Chiều 23/5, ông Trần Ngọc Năm, Phó Tổng giám đốc Petrolimex đã giải thích về việc này, theo quy định tại văn bản số 7075 TC/TCT ngày 06/12/1999 của Tổng cục Thuế và văn bản số 7713 TCHQ-KTTT ngày 10/12/1999 của Tổng cục Hải quan gửi Hải quan các tỉnh thành phố, "đối với các lô xăng dầu tạm nhập tái xuất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, sau khi làm thủ tục tái xuất có một lượng xăng dầu trong tổng khối lượng xăng dầu tạm nhập, không hết được phép chuyển sang nhập kinh doanh tiêu thụ nội địa thì không xử lý truy thu thuế GTGT khâu nhập khẩu. Việc xác định thuế GTGT phải nộp sẽ được xử lý thu thuế GTGT trong khâu nội địa".

Liên quan đến vấn đề này, ngày 11/6/2007, Tổng cục Hải quan đã có văn bản số 3134/TCHQ-KTTT gửi Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh cũng đã nêu: "doanh nghiệp khi nhập khẩu hàng hóa phải nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu và số thuế đã nộp sẽ được khấu trừ trong nội địa... khi doanh nghiệp dùng vào mục đích khác thì cơ quan Hải quan chỉ truy thu thuế nhập khẩu, còn thuế GTGT khi bán ra doanh nghiệp phải kê nộp khâu nội địa và không được khấu trừ số thuế GTGT chưa thu ở khâu nhập khẩu".

Ngày 23/10/2007 tại văn bản số 15080/CT-KTT3 Cục thuế TP Hà Nội cũng đã trả lời Chi Cục Hải quan CKC Đà Nẵng khu vực I đối với việc truy thu thuế GTGT liên quan đến lượng xăng dầu chuyển sang tiêu thụ nội địa cho biết: "Đối với hàng hóa tạm nhập tái xuất xăng dầu chuyển sang tiêu thụ nội địa..., Cục thuế Hà Nội không xử lý truy thu thuế GTGT khâu nhập khẩu đối với lượng xăng dầu không tái xuất hết được phép chuyển sang tiêu thụ nội địa. Việc xác định thuế GTGT phải nộp sẽ được xử lý thu thuế GTGT khi tiêu thụ nội địa".

Tuy nhiên, sau khi Kiểm toán Nhà nước vào làm việc đã có ý kiến với Bộ Tài chính khác với các nội dung quy định tại các văn bản trên, cho rằng, cần phải triển khai thu khoản 28,6 tỷ đồng tiền thuế này và tách biệt với việc khấu trừ sau.

Sau đó, Petrolimex đã nhiều lần gửi văn bản đề nghị Cục thuế TP Hà Nội hướng dẫn xử lý khoản thuế này mà lần gần đây nhất là ngày 4/5. Tuy nhiên, đến nay, Tập đoàn này vẫn chưa nhận được hồi âm hướng dẫn.

Do đó, ngay ở thời điểm này, Petrolimex cũng không rõ cần phải nộp như thế nào, theo hình thức nào. Về bản chất, khoản 28,6 tỷ đồng không phải là khoản "nợ", "trốn" thuế của doanh nghiệp và ngân sách không thất thu, ông Trần Ngọc Năm khẳng định.