Nghị định đã quy định rõ các đối tượng chịu thuế, căn cứ tính thuế, khai thuế, tính thuế, nộp thuế và hoàn thuế bảo vệ mội trường. Trong đó, chủ yếu làm rõ hơn các đối tượng chịu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 3 của Luật Thuế bảo vệ môi trường.

Điểm đáng lưu ý trong Nghị định này đối với hàng hóa sản xuất hoặc nhập khẩu chỉ phải nộp thuế bảo vệ môi trường một lần. Trường hợp hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế bảo vệ môi trường nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam thì không phải nộp thuế bảo vệ môi trường. Đối với hàng hóa sản xuất bán ra, trao đổi, tiêu dùng nội bộ, tặng cho thực hiện khai thuế, tính thuế và nộp thuế theo tháng. Đối với hàng hóa nhập khẩu, hàng hóa nhập ủy thác thực hiện khai thuế, tính thuế và nộp thuế theo từng lần phát sinh.

Các loại xăng, dầu, mỡ nhờn phải chịu thuế là các loại xăng, dầu, mỡ nhờn gốc hóa thạch. Đối với nhiên liệu hỗn hợp chứa nhiên liệu sinh học và xăng, dầu, mỡ nhờn gốc hóa thạch, chỉ tính thu thuế bảo vệ môi trường đối với phần xăng, dầu, mỡ nhờn gốc hóa thạch. Đối với túi ni lông thuộc diện chịu thuế (túi nhựa) theo quy định là loại túi, bao bì nhựa mỏng làm từ màng nhựa đơn HDPE (high density polyethylene rein), LDPE (Low density polyethyle) hoặc LLDPE (linear low density polyethylene rein), trừ bao bì đóng gói sẵn hàng hóa và túi ni lông đáp ứng tiêu chí thân thiện với môi trường theo quy định của Bộ Tài nguyên và Môi trường.

Các công ty kinh doanh xăng dầu đầu mối thực hiện khai, nộp thuế vào ngân sách nhà nước đối với lượng xăng dầu xuất, bán tại địa phương nơi kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng. Đối với than thực hiện theo nguyên tắc: than tiêu thụ nội địa phải khai, nộp thuế bảo vệ môi trường; than xuất khẩu không thuộc đối tượng chịu thuế bảo vệ môi trường.

Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2012. Các quy định về thu phí xăng, dầu tại Nghị định số 78/2000/NĐ-CP ngày 26/12/2000 và Quyết định 03/2009/QĐ-TT ngày 09/01/2009 về điều chỉnh mức thu phí xăng dầu sẽ hết hiệu lực thi hành kể từ ngày Nghị định có hiệu lực.