Th.S Võ Thu Hương, giảng viên Khoa Luật, Đại học Huế cho rằng, xăng dầu và than là hai đối tượng chịu mức thuế cao không hợp lý. Nguyên do đây là loại hàng hóa có vị trí đặc biệt, được kinh doanh độc quyền, cho nên người tiêu dùng không có cách lựa chọn nào khác là phải sử dụng sản phẩm ấy. Việc đánh thuế mặt hàng này sẽ tác động trực tiếp đến tình hình giá cả và lạm phát ở Việt Nam. Mặt khác, pháp luật về kinh doanh xăng dầu hiện cũng chưa có quy định buộc doanh nghiệp phải bán bao nhiêu phần trăm nhiên liệu sạch thay thế xăng dầu. Do đó, luật này chưa thể tạo ra sức ép cho người tiêu dùng và nhà cung cấp trong việc mua và cung cấp nhiên liệu sạch. Đồng ý với quan điểm này, PGS-TS Nguyễn Đình Hòe, Hội Bảo vệ thiên nhiên và môi trường Việt Nam cho biết, thế giới mới chỉ có 6 nước đang phát triển đánh thuế môi trường, gồm Mexico, Congo, Philippines, Malawi, Zimbabwe và Trung Quốc, nhưng cũng chỉ áp vào những mặt hàng độc hại, nguy hiểm. Không có nước đang phát triển nào (kể cả Trung Quốc là nước có nền kinh tế số 2 trên thế giới) áp thuế môi trường vào xăng dầu.

Việc tăng thêm gánh nặng cho người tiêu dùng khi luật có hiệu lực cũng là mối băn khoăn lớn hiện nay. Một phép tính đơn giản, nếu giá trị thuế môi trường với khung thuế suất được quy định tại luật theo báo cáo đánh giá tác động của Chính phủ, nếu lấy mức thuế suất tối đa thì số thu mỗi năm khoảng 57.000 tỷ đồng chia trung bình cho 40 triệu dân thuộc lực lượng lao động thì thuế môi trường bình quân sẽ là 1,4 triệu đồng/người/năm, tương đương khoảng 7 tháng thu nhập của người thuộc diện nghèo nông thôn và khoảng 5,5 tháng thu nhập của người nghèo đô thị. Như vậy, nếu triển khai đại trà sẽ tạo thêm gánh nặng cho người nghèo ở vùng nông thôn. Đặt mình ở tư cách người chịu thuế, Luật sư Nguyễn Ngọc Quyền, Đoàn Luật sư Hà Nội cho rằng, cần xác định rõ mục tiêu chính của Luật Thuế bảo vệ môi trường là hướng đến việc thay đổi hành vi của con người, khuyến khích quá trình sản xuất sạch để bảo vệ môi trường, đặt lợi ích bảo vệ môi trường lên lợi ích kinh tế, không nên chạy theo mục tiêu tạo nguồn thu, tăng ngân sách nhà nước.

Rõ ràng, khi luật đã được thông qua, những vấn đề đặt ra của luật đòi hỏi Chính phủ cần cân nhắc khi ban hành nghị định hướng dẫn thi hành để bảo đảm luật khi đi vào cuộc sống đạt được mục đích, yêu cầu đề ra, không gây bức xúc ảnh hưởng đến đời sống dân sinh của đại bộ phận nhân dân.