Trước năm 2016, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt quy định mức thu đối với xăng A92 dùng để pha chế với thuế suất 10%. Xăng E5, E10 được pha với tỷ lệ tương ứng 95%, 90% với xăng A92 và 5%, 10% với cồn sinh học. Theo đó, thuế tiêu thụ đặc biệt đối với 1 lít xăng E5 là 9,5% và 9% đối với xăng E10.

Kể từ năm 2016, để khuyến khích hơn nữa việc sử dụng xăng nhiên liệu sinh học, góp phần bảo vệ môi trường, mức thuế tiêu thụ đặc biệt đối với xăng E5 đã được điều chỉnh xuống còn 8% còn mức 7% áp dụng đối với xăng E10. Doanh nghiệp căn cứ vào mức thuế kể trên và tỷ lệ xăng khoáng dùng để phối trộn ra nhiên liệu sinh học để tiến hoành khấu trừ thuế tiêu thụ đặc biệt.

Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Bộ Tài chính nhận thấy, các hãng xăng dầu đang phát sinh số thuế được khấu trừ quá lớn, ảnh hưởng đến nguồn tài chính của doanh nghiệp. Thậm chí, có doanh nghiệp tồn thuế để khấu trừ lên tới con số hàng chục tỷ đồng một tháng. Con số này được dự báo còn tăng cao hơn nhiều trong năm 2018 khi sản lượng xăng nhiên liệu sinh học tiêu thụ nhiều.

Do đó, các doanh nghiệp cũng như Hiệp hội Xăng dầu Việt Nam đang đề nghị Bộ Tài chính cùng các bộ ngành liên quan hướng dẫn lại đối với số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa được khấu trừ đối với mặt hàng xăng khoáng dùng để sản xuất xăng sinh học…

Kiến nghị của doanh nghiệp cũng như Hiệp hội Xăng dầu Việt Nam được cho là có cơ sở và phù hợp với tình hình thực tế là từ 1/1/2018 theo chỉ đạo của Chính phủ doanh nghiệp chỉ được bán xăng Ron 95 và xăng E5. Điều này cũng đồng nghĩa số thuế tiêu thụ đặc biệt chưa khấu trừ của nguyên liệu sản xuất xăng E5 sẽ rất lớn. Chỉ tính riêng Petrolimex, số thuế chưa được khấu trừ phát sinh từ năm 2018 dự kiến vào khoảng 270 tỷ đồng.

Trước đó, các doanh nghiệp xăng dầu cũng than thở chuyện xăng E5 đang bị áp mức thuế bảo vệ môi trường khá cao, điều này đã khiến giá bị đội lên cao, khó khuyến khích được người dân sử dụng.

Theo các doanh nghiệp, quy định hiện hành thì mức bảo vệ môi trường với nhiên liệu mức IV với mức II đang được đánh đổ đồng bằng nhau (1.500 đồng/lit), nghĩa là thuế bảo vệ môi trường với xăng E5 bằng với Diezel. Việc áp dụng mức thuế như vậy theo doanh nghiệp là không hợp lý.

Trong văn bản gửi cơ quan chức năng mới đây, hãng phân phối xăng dầu lớn nhất Việt Nam – Petrolimex kiến nghị áp dụng chính sách khuyến khích sử dụng nhiên liệu sạch (tiêu chuẩn khí thải mức IV, V); đồng thời áp dụng mức thuế bảo vệ môi trường ở mức thấp hơn, ví dụ bằng 90% mức thuế đối với các nhiêu liệu tiêu chuẩn chỉ mức II.

Ngoài ra, trong văn bản kiến nghị, Petrolimex đề xuất áp dụng mức thuế bảo vệ môi trường đối với xăng sinh học E5 và E10 lần lượt bằng mức 80% và 70% so mức thuế của xăng khoáng.

Nếu được chấp thuận, Petrolimex đề xuất áp dụng mức thuế kể trên ngay từ thời điểm 1/7/2018.