Trước đó, đầu năm 2013, Bộ Tài chính cũng đã chỉ đạo Tổng cục Hải quan truy thu hơn 300 tỉ đồng thuế xăng dầu tạm nhập không tái xuất với các doanh nghiệp (DN) đầu mối, trong đó cao nhất là Tập đoàn xăng dầu VN (Petrolimex) bị truy thu 170 tỉ đồng. Quyết định truy thu này của Bộ Tài chính đã vấp phải phản ứng khá dữ dội từ các đầu mối. Tới nay, đa số các đầu mối bị truy thu đã chấp thuận nộp, dù vẫn còn rất “ấm ức”.
Các đầu mối “ấm ức” vì cho rằng, khi ban hành Thông tư 194 năm 2010, Bộ Tài chính đã quy định không phải thay thế tờ khai mới, nhưng hiện Bộ lại bắt phải khai theo tờ khai hải quan mới để tính lại thuế. Trong khi thuế suất nhập khẩu xăng dầu trong năm 2012 đã biến động từ 0 - 3 % lên đến 12% vào cuối năm, dẫn đến DN bị truy thu thuế khủng.
Tuy nhiên, theo KTNN, Thông tư 194 của Bộ Tài chính về thời điểm tính thuế phải nộp với hàng tạm nhập không tái xuất chuyển tiêu thụ nội địa không đúng quy định của Nghị định 154 của Chính phủ, dẫn đến để “lọt thuế” 470 tỉ đồng. Thực tế, bản thân Bộ Tài chính cũng đã tự phát hiện và điều chỉnh khi đưa ra quyết định truy thu trên. Theo một chuyên gia, việc DN phản đối quyết định truy thu là bất hợp lý và Bộ Tài chính mạnh tay truy thu, nói không với đề xuất xin hồi thuế là cần thiết. DN cũng không thể lấy lý do tài chính khó khăn hay khó hạch toán để từ chối nghĩa vụ nộp thuế. Bởi nếu không có quyết định truy thu này, các đầu mối đã nghiễm nhiên được hưởng lợi hàng trăm tỉ đồng tiền thuế tạm nhập mà không tái xuất, trong khi ngân sách nhà nước thất thu.
Bên cạnh đó, quy định về xăng dầu tạm nhập khi tái xuất sang Lào được hoán đổi với xăng dầu từ Nhà máy lọc dầu Dung Quất của Bộ Tài chính không đúng với luật Hải quan cũng đã được KTNN phát hiện (dẫn đến không thu thuế nhập khẩu đúng quy định 21 tỉ đồng), và đề nghị báo cáo Chính phủ chấm dứt việc này.
Những “lỗ hổng” trong quy định hải quan về tạm nhập tái xuất của Bộ Tài chính được KTNN chỉ ra lần này mới chỉ trong niên hạn 2012, nhưng cũng đã truy thu thêm cho ngân sách hàng trăm tỉ đồng. Điều này cho thấy, bản thân việc ra quyết định, thông tư từ phía cơ quan quản lý cũng cần chặt chẽ, và phải được rà soát, giám sát kỹ, để không lọt thuế phải thu cũng như tạo ra sự bất bình đẳng về nghĩa vụ thuế giữa các DN.