Tuy nhiên, các doanh nghiệp không đồng ý với quyết định này và cho rằng mình không hoàn toàn có lỗi. Vậy ai đúng trong trường hợp này?
Các công ty nhận được “trát” đòi truy thu thuế của Bộ Tài chính gồm có: Công ty TNHH một thành viên xăng dầu Quân đội (Mipec) truy thu gần 20 tỷ đồng. Tổng công ty dầu Việt Nam (PV Oil): 66 tỷ đồng. Công ty lọc hóa dầu Nam Việt: 26 tỷ đồng, nhiều nhất là Tập đoàn Xăng dầu Viêt Nam Petrolimex: 170 tỉ đồng.
Căn cứ để Bộ Tài chính truy thu do tất cả các lô hàng trên, doanh nghiệp khai báo tại hải quan theo diện tạm nhập tái xuất từ đầu năm 2012, nhưng đến cuối năm khi rà soát lại thì còn một khối lượng lớn đã không được tái xuất mà doanh nghiệp đã chuyển đổi mục đích sử dụng để tiêu thụ tại thị trường trong nước. Theo quy định, các lô hàng này sẽ không được miễn thuế, mà phải nộp đầy đủ số thuế nhập khẩu như hàng hóa thông thường.
Tranh cãi bắt đầu nổ ra khi Petrolimex có văn bản kiến nghị không đồng tình với con số truy thu như trên, chủ yếu bắt nguồn từ thời điểm áp dụng mức thuế suất. Petrolimex cho rằng, tập đoàn đã thực hiện theo đúng các quy định và có đủ căn cứ để cho thấy không phải nộp số thuế này.
Để rộng đường dư luận, phóng viên Đài THVN đã liên hệ với các bên liên quan. Tuy nhiên, bằng nhiều cách, phóng viên VTV vẫn không làm cách nào tiếp cận được với Tổng cục Hải quan và Bộ Tài chính.
Tuy nhiên, phóng viên VTV đã có cuộc trao đổi với ông Nguyễn Xuân Hùng, Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Tập đoàn Xăng dầu Việt Nam Petrolimex, đơn vị có số thuế bị truy thu nhiều nhất và cũng đã có đơn kiến nghị gửi tới Bộ Tài chính và Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh về vấn đề này.