Như vậy, số lượng xăng dầu tạm nhập mà chưa tái xuất còn lại trong giai đoạn trên là 1,984 triệu tấn với trị giá 1.391 tỷ USD.

Vì vậy, việc tiến hành rà soát lại toàn bộ các lô hàng tạm nhập tái xuất, trong đó có cả mặt hàng xăng dầu từ năm 2009 đến tháng 6/2012 để xác định doanh nghiệp có thực hiện đúng thời gian về kê khai tạm nhập, tái xuất, nộp thuế khi chuyển đổi là một trọng tâm để không gây thất thu thuế cho ngân sách nhà nước trong thời gian qua.

Theo đó, Công ty TNHH MTV Xăng dầu Quân đội phải nộp thêm 19,785 tỷ đồng do cơ quan chức năng xác định lại thời điểm áp dụng tính thuế đối với lượng xăng dầu được doanh nghiệp tạm nhập nhưng không tái xuất mà chuyển tiêu thụ nội địa trong năm 2012, cho các tờ khai được mở tại Cục Hải quan Hải Phòng.

Tổng số thuế được ấn định là 341.052 tỷ đồng, tuy nhiên Công ty TNHH MTV Tổng Công ty Xăng dầu Quân đội đã nộp được 321.226 tỷ đồng.

Đối với Công ty TNHH Vận tải thủy bộ Hải Hà, tổng số tiền thuế phải nộp thêm là 648 triệu đồng, cho số dầu DO được công ty tạm nhập, nhưng không tái xuất, thay vào đó là chuyển tiêu thụ nội địa.