Việc để quỹ tại doanh nghiệp có những hạn chế về tính minh bạch, dễ bị doanh nghiệp lạm dụng.
Theo kết luận của báo cáo kiểm toán thì việc trích lập, sử dụng BOG xăng dầu của các doanh nghiệp thời gian qua được thực hiện khá nghiêm túc. Số trích lập và sử dụng Quỹ BOG của các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối cơ bản phù hợp với số phải trích lập và số được sử dụng Quỹ BOG.
Theo đánh giá tại kết luận, quỹ vẫn còn tồn tại một số nhược điểm như dễ phát sinh rủi ro, không tách được số lãi do số dư Quỹ BOG khi chưa sử dụng mang lại. Bên cạnh đó, việc để quỹ tại doanh nghiệp có những hạn chế về tính minh bạch, dễ bị doanh nghiệp lạm dụng sử dụng vào mục đích khác, rủi ro đối với quỹ cao mà không có biện pháp phòng ngừa, không tách bạch được các khoản lãi từ quỹ mang lại.
Kết quả kiểm toán cho thấy, việc trích lập Quỹ BOG qua 10 doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối trong 2 năm này là hơn 5.554 tỷ đồng. Cụ thể năm 2009, tổng số Quỹ BOG phải trích lập tại 10 đầu mối là 970.908 triệu đồng nhưng thực tế 10 doanh nghiệp này đã trích là 1.006.881 triệu đồng, số đã trích lớn hơn số phải trích về Quỹ BOG là 35.973 triệu đồng Năm 2010, số phải trích là 4.583.753 triệu đồng trong khi đó 10 doanh nghiệp đã trích là 4.561.559 triệu đồng, như vậy số phải trích bổ sung là 22.194 triệu đồng.
Tuy nhiên trong quá trình điều hành, hướng dẫn cơ chế trích lập, quản lý, sử dụng và quyết toán Quỹ BOG nảy sinh những bất cập làm cho doanh nghiệp lúng túng, một số yếu tố trong cơ cấu giá thực tế phát sinh như chênh lệch tỷ giá ngoại tệ, lãi vay trong và sau thời gian lưu thông nhưng chưa được quy định trong cơ cấu giá cơ sở (Nghị định 84/2009 chưa có yếu tố này).
Kết luận cho rằng, mô hình quỹ có ưu điểm là lập để tại doanh nghiệp, được hạch toán riêng và chỉ sử dụng vào bình ổn giá, nên khi Nhà nước cho phép các doanh nghiệp sử dụng quỹ trên về cơ bản các doanh nghiệp đã sử dụng kịp thời để phản ứng với thị trường thế giới, giảm đuợc thủ tục hành chính (có nguồn lực tài chính nhập khẩu xăng dầu ngay). Ngoài việc bình ổn giá xăng dầu trong nước, Quỹ BOG còn góp phần vào việc bình ổn giá nói chung, kiểm soát lạm phát, ổn định kinh tế vĩ mô, duy trì tăng trưởng và ổn định an sinh xã hội. Đối với người tiêu dùng, nhờ cơ chế trích lập, quản lý và sử dụng Quỹ BOG mà trong năm 2010, người tiêu dùng được sử dụng xăng dầu giá rẻ hơn các nuớc trong khu vực, giảm tần suất và mức độ điều chỉnh.
Tuy nhiên, bản kết luận cũng đưa ra kiến nghị các doanh nghiệp được kiểm toán điều chỉnh số trích lập, sử dụng và tồn Quỹ BOG, báo cáo tài chính và kết quả kinh doanh năm 2009, 2010 của các doanh nghiệp kinh doanh xăng dầu đầu mối theo kết quả của KTNN…