Kết quả kiểm toán cho thấy, số tiền phải trích lập Quỹ bình ổn giá xăng dầu ở 10 doanh nghiệp trong năm 2009-2010 là 5.554,6 tỷ đồng. Cụ thể, năm 2009 các doanh nghiệp phải trích lập 970,9 tỷ đồng, năm 2010 phải trích lập 4583,7 tỷ đồng. Số tiền các doanh nghiệp đã trích lập trong 2 năm này là 5.568,4 tỷ đồng, trong đó năm 2009 đã trích 1.006,9 tỷ đồng, năm 2010 đã trích 4.561,5 tỷ đồng. Như vậy, các doanh nghiệp đã trích cao hơn số phải trích là 13,8 tỷ đồng, tương đương 2%.

Theo kiểm toán Nhà nước, những số liệu chênh lệch giữa số liệu báo cáo và kiểm toán là do trong quá trình điều hành, hướng dẫn cơ chế trích lập, quản lý, sử dụng và quyết toán Quỹ BOG làm cho doanh nghiệp lúng túng, một số yếu tố trong cơ cấu giá thực tế phát sinh như chênh lệch tỷ giá ngoại tệ, lãi vay trong và sau thời gian lưu thông nhưng chưa đươc quy định trong cơ cấu giá cơ sở (nghị định 84/2009 chưa có yếu tố này). Bên cạnh đó, trong cơ chế trích lập, khi doanh nghiệp xăng dầu đầu mối tham gia thực hiện nhiệm vụ bình ổn giá mà kết quả kinh doanh bị lỗ vẫn phải trích lập Quỹ BOG, doanh nghiệp phải lấy vốn của mình để trích lập Quỹ BOG. Vì giá bán lẻ thấp hơn giá cơ sở thì sẽ không có Quỹ BOG của người tiêu dùng. Vịêc này dẫn đến làm tăng chi phí, tăng giá cơ sở; khi đó việc trích lập Quỹ BOG không có ý nghĩa, doanh nghiệp đã lỗ càng thêm lỗ và tạo ra Quỹ BOG nhưng không có thực vì giá bán đã thấp hơn giá cơ sở thì không có Quỹ. /.