Theo đó, Tổng cục đề xuất lập quỹ bảo trì đường bộ bao gồm một quỹ ở trung ương và mỗi quỹ tại mỗi tỉnh, thành phố trên cả nước. Quỹ địa phương sẽ tiếp nhận số tiền phân bổ từ quỹ trung ương cho bảo trì đường bộ tại địa phương mình và các khoản thu liên quan đến sử dụng đường bộ theo quy định.
 
Ngoài ra, ba phương án thu phí cho quỹ bảo trì đường bộ cũng được Bộ Giao thông vận tải trình Chính phủ phê duyệt.
 
Phương án 1 thu trực tiếp từ phương tiện tham gia đường bộ với mức thu ô tô con 180.000 đồng/tháng, xe máy 80.000 đồng/xe/năm. Cùng với đó là thu qua giá xăng dầu với mức phí là 1.000 đồng/lít xăng và 170 đồng/lít dầu diesel. Ngoài ra, vẫn sẽ tiếp tục duy trì các trạm thu phí như hiện nay.
 
Phương án 2 thu trực tiếp từ phương tiện cơ giới đường bộ nhưng không thu xe máy mà chỉ thu ô tô với mức phí 180.000 đồng/tháng. Đồng thời, phương án dự tính vẫn thu tiếp qua xăng dầu, với mức phí đề xuất là 1.000 đồng/lít xăng thông thường, 330 đồng/lít dầu diesel.
 
Phương án 3 chỉ thu trực tiếp từ phương tiện cơ giới đường bộ (mức phí đã nêu ở phương án 1). Đồng thời, số tiền còn thiếu cho hoạt động bảo trì đường bộ vào khoảng 6.213 tỉ đồng sẽ được cấp bổ sung trực tiếp từ ngân sách nhà nước.
 
Phương án được Bộ Giao thông vận tải kiến nghị Chính phủ lựa chọn là phương án 2. Theo Bộ Giao thông vận tải, phương án này có ưu điểm là thay thế phương thức thu phí sử dụng cầu, đường qua trạm. Đồng thời, phương án này huy động sự đóng góp của xã hội thông qua thuế nhập khẩu xăng dầu hợp lý hơn. Khi thực hiện phương án 2 thì sẽ bỏ các trạm thu phí của nhà nước.
 
Trước đó, Bộ Giao thông Vận tải đã xây dựng dự thảo quỹ bảo trì đường bộ qua xăng dầu để trình Chính phủ thông qua nhưng không được chấp thuận.