Tuy nhiên, tập đoàn này cũng vẫn kiến nghị bộ Tài chính đề xuất lên Chính phủ phê duyệt cơ chế ưu đãi cho dự án này như dự án hoá lọc dầu Nghi Sơn. Cụ thể, PVN đề nghị cho giữ lại 7% thuế nhập khẩu đối với xăng dầu; 5% đối với LPG và 3% đối với các sản phẩm hoá dầu trong vòng mười năm kể từ khi nhà máy lọc dầu Dung Quất đi vào vận hành thương mại. Trong thời gian này, nếu Nhà nước quy định thuế nhập khẩu thấp hơn, thì thực hiện bù giá đối với sản phẩm xăng, dầu và LPG. Tập đoàn này cũng đề xuất xin ngoài các ưu đãi theo giấy phép đầu tư, dự án này được hưởng thêm ưu đãi với mức thuế suất thu nhập doanh nghiệp 10% cho cả đời dự án.