Để hỗ trợ phần nào cho NMLD đầu tiên của Việt Nam, vào ngày 25/11/2009, Chính phủ đã có quyết định 1942/2009/QĐ-TTg, về thu điều tiết đối với sản phẩm lọc dầu và hoá dầu tiêu thụ trong nước của BSR. Theo đó, BSR được hưởng 7% thuế nhập khẩu với xăng dầu, 5% với LPG và 3% với các sản phẩm hóa dầu khác trong năm 2010. Phần còn lại của thuế nhập khẩu sau khi đã trừ đi phần để lại cho BSR sẽ được nộp vào ngân sách nhà nước, bên cạnh các loại thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng như quy định.

Đề nghị trên được hiểu là, NMLD Dung Quất mong muốn được giữ lại phần thu từ thuế nhập khẩu khi bán các sản phẩm do mình sản xuất ra, với mức 7% đối với sản phẩm xăng dầu; 5% với sản phẩm LPG và 3% với các sản phẩm hóa dầu khác trong thời gian 10 năm, thay vì được cho phép từng năm như hiện nay.

Hiện tại, với công suất 6,5 triệu tấn dầu thô đầu vào/năm, NMLD Dung Quất có thể sản xuất và cung cấp cho thị trường khoảng 6 triệu tấn sản phẩm các loại/năm, chiếm chưa đến 30% nhu cầu thị trường. Với thực tế cung trong nước chưa đủ cầu, nên việc tiêu thụ hết sản phẩm do NMLD Dung Quất làm ra (chủ yếu là xăng dầu) không có nhiều khó khăn, nhất là khi xăng dầu Dung Quất được bán theo giá của thị trường Singapore và chấp nhận thanh toán bằng VND, chứ không phải USD như hàng nhập khẩu bấy lâu.

Sang năm 2011, BSR lại được hưởng tiếp chính sách này thông qua Quyết định 2299/2010/QĐ-TTg (ngày 15/12/2010), về việc kéo dài thời gian thực hiện Quyết định số 1942/2009/QĐ-TTg về thu điều tiết đối với sản phẩm lọc dầu và hóa dầu tiêu thụ trong nước của BSR.

Tuy nhiên, dù tiếp tục được hưởng nguồn thu thuế nhập khẩu khi bán xăng dầu của NMLD Dung Quất, nhưng ông Nguyễn Hoài Giang, Tổng giám đốc BSR cho hay, từ khi thuế nhập khẩu xăng dầu xuống 0%, BSR không thu được gì từ phần điều tiết thuế nhập khẩu xăng dầu.

Như vậy, nếu thuế nhập khẩu xăng dầu là 20% như đầu năm 2010, phần thu mà BSR được hưởng sẽ là 7%, còn ngân sách nhà nước sẽ thu 13% thuế nhập khẩu này. Nếu thuế nhập khẩu xăng dầu giảm xuống còn 7%, thì sẽ chỉ có BSR được hưởng phần thu trên, và nếu thuế nhập khẩu xăng dầu xuống 0% như từ giữa tháng 2 vừa qua, thì tất nhiên, BSR không có thêm phần thu từ thuế nhập khẩu này.

Trước đó, vào năm 2009, Tập đoàn Dầu khí quốc gia Việt Nam (PVN) cũng đã đề xuất các cơ quan chức năng chấp thuận cơ chế tài chính ưu đãi cho NMLD Dung Quất giống như cơ chế tài chính cho Dự án Lọc hóa dầu Nghi Sơn tại Thanh Hóa. Theo PVN, ngay cả khi có cơ chế tài chính hỗ trợ, suất hoàn vốn đầu tư của NMLD Dung Quất cũng chỉ ở mức trung bình từ 5-10%.

Năm 2011, PVN đặt kế hoạch NMLD Dung Quất sẽ đạt lợi nhuận 550 tỷ đồng và nộp ngân sách hơn 14.000 tỷ đồng. Tuy nhiên, với thực tế thuế nhập khẩu xăng dầu đang ở mức 0% như hiện nay, các kế hoạch này sẽ không như dự tính.